किन्नर अखाड़ा विवादों में है। संस्थापक अजय दास ने लक्ष्मी नारायण त्रिपाठी पर परंपराओं का पालन न करने और बिना सहमति अखाड़े का जूना अखाड़े में विलय करने का आरोप लगाया। ममता कुलकर्णी के महामंडलेश्वर बनने से विवाद और गहराया। संतों के एक वर्ग ने विरोध जताया है। अजय दास ने दस्तावेज़ों के साथ किन्नर समाज के अधिकार छिनने का दावा किया। कंप्यूटर बाबा ने अजय दास का समर्थन किया।
